Второй сезон Все трое Винчестеров выживают в аварии, но Дин пострадал больше, чем его брат и отец. В первом эпизоде второго сезона («Когда пробьёт мой час») Дин находится в коме, и ангел смерти по имени Тесса пытается убедить его, что он должен умереть. Ради спасения Дина Джон заключает сделку с Демоном, пообещав свою жизнь взамен жизни сына. Перед тем как умереть, Джон прошептал что-то на ухо Дину.
На протяжении первой половины второго сезона Дин пытается смириться со смертью отца и с тем, что это он должен был умереть. Кроме того, его тяготят последние слова отца, и в середине сезона выясняется, что сказал ему Джон: Демон хочет переманить Сэма на свою сторону, и, если Дину не удастся его спасти, то он должен будет убить брата.
В эпизоде «Обычные подозреваемые» Дин арестован в связи с ещё одной серией убийств. Выясняется, что полиция имеет против него ряд обвинений, включая взлом, подделку кредитных карт и осквернение могил. Хотя Дин и Сэм могли доказать, что убийства были совершены одним из детективов, всё же неясно, были ли обвинения против Дина предъявлены официально. Однако теперь полиция в курсе, что Дин не мёртв. Агенты ФБР во главе со спецагентом Виктором Хенриксеном обнаруживают местонахождение братьев Винчестеров (эпизод «Ночной оборотень»), и к списку предполагаемых преступлений Дина добавляется попытка ограбления банка и ещё несколько убийств.
В конце первой части эпизода «Врата ада» Дин приходит на помощь брату, но Сэма убивают, и он умирает на руках у Дина. Дин считает, что подвёл Сэма и отправляется на перекрёсток, где заключает сделку с демоном, цена которой — жизнь Сэма в обмен на душу Дина. Сэм воскресает, а Дину позволено прожить ещё один год. Бобби — единственный, кто знает о том, что сделал Дин, потому что Сэм не помнит ничего после того, как Джейк убил его. Бобби кричит на Дина и упрекает его в том, что он сделал. Дин умоляет Бобби ничего не говорить Сэму, так как верит, что если Сэм узнает, что Дин продал душу дьяволу, это его убьёт. Однако Демон спрашивает Дина, уверен ли тот, что Сэм, которого он вернул, остался прежним, так как тот, не колеблясь, убил Джейка, выпустив в него несколько пуль и, кажется, не сожалея о содеянном. В конце концов Сэм узнаёт о том, что сделал Дин. Дин говорит ему, что он не мог позволить ему умереть. Сэм даёт клятву помочь Дину выпутаться из этой сделки.
В конце второго сезона Дин убивает Демона из Кольта, освободив душу отца. Но во время схватки другим демонам удаётся вырваться на свободу, и теперь братья Винчестеры должны убить всех их, а также найти способ спасти Дина в течение года.
