Сезон 5 На Землю прилетает космический корабль, вторым потоком метеоритного дождя, разрушая половину Смоллвиля. Некий капитан Зод прибыл сюда, чтобы отомстить сыну Джор-Эла…
Погибает Кларк, но потом воскрешается благодаря Джор Элу, Лана и Кларк теряют девственность, умирает Джонатан Кент, отец Кларка. Кларк учится в университете, где его преподователем и противником в сезоне является вестник Зода Милтон Файн, он же Бренниак. В конце сезона Файн обманом вживляет разум и способности Зода в тело Лекса, и тот загоняет Кларка в Фантомную Зону.
Сезон 6
Кларк сумел сбежать из фантомной зоны, куда его загнал Генерал Зод. Кларк сразился с Зодом и победил его, но из зоны сбежали несколько фантомов и Кларк должен найти и уничтожить их всех. Лекс проводит свои опыты над метеоритными фриками и начинает собирать армию из них. В Метрополис прибывает Оливер Квинн, супергерой Зелёная Стрела, который основывает Лигу Справедливости. Хлоя обнаруживает, что она метеоритный фрик. Лана узнает, что беременна от Лекса. Тем временем Лекс делает ей предложение, но Лана колебается - она все еще любит Кларка. Позже Лана узнает секрет Кларка и о том, что он ее любит и пытается защитить, и дает ему обещание не выходить замуж за Лекса Лютора. Но Лайнелл Лютор угрожает Лане Ленг. Если она не выйдет за его сына - Кларк будет убит. Лана присоединяется к семье Люторов. Вскоре Лана узнает, что потеряла ребенка. Но потом, оказывается что ее беременность подстроил никто иной как Лекс. Лана решает отомстить - она шпионит за мужем. А Кларк тем временем пытается забыть Лану, со своими друзьями он организовывает Лигу справедливости. Далее Лекс попадает в лабиринт с бомбой, Лайнелл умоляет Кларка помочь Лексу. Кларк отправляется спасать "друга", туда, где повсюду находятся зеленые криптониты. Лана пытается выведать у Лайнелла, зачем он заставил ее выйти за Лекса, но тот отвечает что защищает Кларка. Лана в недоумении. Кларк не может использовать всю свою силу, но они с Лексом выбираются в последнюю долю секунду, как раздается взрыв. Лана видит Кларка и бросается к нему, но потом идет к мужу. Ясно, что Лана все еще любит Кларка. В конце сезона умирает Лана - ее машина взрывается, Лоис Лейн ранят ножом - она умирает, но ее спасает ее кузина Хлоя, после этого Хлоя сама находится на грани жизни и смерти. А Кларка ждет новый его враг - он же сам, а точнее Бизарро.